Ninjapoiss tahab oma õpetajale tõestada, et on valmis tõsisteks väljakutseteks ning talle võib usaldada vastutusrikkaid ülesandeid. Mängus Ninja Boy Flying läks ta salaja ohtlikku piirkonda, kus elasid röövlid ja kõikvõimalikud kriminaalsed elemendid. Kangelane kavatseb seda kiirusega joosta ja seal, kus on vaja ületada laiad takistused, kasutab ta libisevat lendu. Vaenlased jooksevad sinu poole ja sa võid neist üle hüpata või kõrvaldada nad osava shurikeni viskega – teravate servadega terastähega. Ninja Boy Flyingus peate takistustele kiiresti reageerima ja veelgi kiiremini otsustama, kuidas neid ületada.