Lindude ränne on lindude iga-aastane ränne soojematesse piirkondadesse. Kui sügis saabub, suunduvad paljud linnuliigid lõuna poole, et külm talv üle elada. Pardid on üks neist ja mängus aitate ühel pardil raskest lennust üle saada. Kuid kõigepealt peate valima mängus esitletud kangelaste hulgast tegelase: Pam, Mac, onu Dan, Gwen ja Dax. Igaüks neist allub teie kontrollile. Migration Flappy Ducki süžee seisneb selles, et teie lind on karjast maha jäänud. Kui kõik tema sugulased minema lendasid, sai ta tiib kannatada, kuid nüüd on see paranenud ja võite proovida karjale järele jõuda ja koos lennata. Kuid kõigepealt peate Migration Flappy Duckis ületama palju takistusi ja tiibu hoogsalt ilma vaheajata lehvitama.
