Mäng Alien Quarantine toimub salalabori territooriumil, kus katsetatakse püütud tulnukate olenditega. Ühel tulnukatest õnnestus vabaneda, ta vabastas teised ja laboris algas tõeline kaos. Mängu Alien Quarantine kangelane saadetakse luurele, kuid seisab silmitsi ohtliku vaenlasega. Ta peab taastama turvasüsteemi, et vältida koletiste tungimist teistesse sektoritesse. Selleks peate aktiveerima mitu seadet, liikudes ja tulistades, vältides tulnukate rünnakuid.
